Temos também a nossa filial que tem CNPJ próprio, porém a matriz é mantenedora da filial, nesse também fomos orientadas que não tem como fazer o CNES como devemos proceder nesse caso?

Segundo o MANUAL TÉCNICO DO CADASTRO NACIONAL DE ESTABELECIMENTOS DE SAÚDE – VERSÃO 2, disponível no site do CNES https://cnes.datasus.gov.br/pages/downloads/documentacao.jsp , a definição de mantenedora está respondida no seguinte item:

2.4– CNPJ da Mantenedora do Estabelecimento: 2.4 – CNPJ da Mantenedora Preencher com o CNPJ da Mantenedora, quando o estabelecimento for mantido, ou seja, estiver vinculado a uma entidade mantenedora. Para informar o CNPJ da Mantenedora, esta deve estar previamente cadastrada, caso contrário haverá mensagem de erro no sistema. Para uma mesma Mantenedora só é permitido um único cadastro, independentemente do número de estabelecimentos mantidos que disponha.

O preenchimento do campo 2.4 será exigido quando o campo 2.5 – Identificador da Situação do Estabelecimento estiver marcado como sendo mantido.

Portanto, como a filial tem CNPJ distinto da matriz, apesar de mantenedora, as regras do CNES também contemplam tal situação para fins de cadastro de um CNES distinto ao da matriz.